Video: Čo je indexový súbor BAM?
2024 Autor: Lynn Donovan | [email protected]. Naposledy zmenené: 2023-12-15 23:52
A súbor BAM (. bam ) je binárna verzia SAM súbor . SAM súbor (. sam) je text oddelený tabulátormi súbor ktorý obsahuje údaje o zoradení sekvencií. Indexovanie : IGV vyžaduje, aby SAM aj BAM súbory byť zoradené podľa pozície a indexované , a že indexové súbory dodržiavať špecifickú konvenciu pomenovania.
Podobne sa ľudia pýtajú, ako otvorím súbor BAM?
Z Súbor menu vybrať Otvorené a vyberte BAM súbory z ľavej strany. Vyberte tlačidlo vpravo s nápisom Pridať a súbor BAM . Prejdite na BAM Test Súbory priečinok, ktorý ste stiahli, vyberte pomocou_index_with_graph. Kliknite Otvorené , vyberte mapu.
Po druhé, ako prevediem súbor BAM na Fastq? Nižšie sú uvedené kroky na konverziu súboru BAM do formátu FASTQ. Toto bude fungovať na Linuxe a bude to vyžadovať SAMTOOLS a BEDTOOLS
- Stiahnite si SAMTOOLS.
- Extrahujte pomocou príkazu tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Vytvorí priečinok s názvom samtools-version.
- Presuňte sa do adresára cd samtools-version.
Podobne, ako prevediem súbor BAM na súbor SAM?
Komu previesť SAM do BAM , použijeme príkaz samtools view. Musíme špecifikovať, že náš vstup je in formát SAM (v predvolenom nastavení sa očakáva BAM ) pomocou voľby -S. Musíme tiež povedať, že chceme, aby bol výstup BAM (v predvolenom nastavení produkuje BAM ) s voľbou -b.
Čo robí zobrazenie Samtools?
Samtools je sada nástrojov, ktoré manipulujú so zarovnaniami vo formáte BAM. Importuje a exportuje do formátu SAM (Sequence Alignment/Map), robí triedenie, zlučovanie a indexovanie a umožňuje rýchle načítanie čítaní v ľubovoľných oblastiach. Samtools je navrhnutý tak, aby fungoval na streame.
Odporúča:
Ako vytvorím indexový skript na serveri SQL Server?
Príkaz SQL Server CREATE INDEX Najprv zadajte názov indexu za klauzulou CREATE NONCLUSTERED INDEX. Všimnite si, že kľúčové slovo NONCLUSTERED je voliteľné. Po druhé, zadajte názov tabuľky, pre ktorú chcete vytvoriť index, a zoznam stĺpcov tejto tabuľky ako stĺpce kľúča indexu
Je súbor TIFF vektorový súbor?
TIF – (alebo TIFF) je skratka pre Tagged Image File Format a je to veľký rastrový súbor. Súbor TIF sa primárne používa na obrázky pri tlači, pretože nestráca informácie ani kvalitu ako JPEG. Je to vektorový súbor, ktorý môže obsahovať text, ako aj grafiku a ilustrácie
Ako skonvertujem súbor oddelený tabulátormi na súbor csv?
Prejdite do ponuky Súbor, vyberte možnosť „Otvoriť súbor oddelený tabulátormi“(alebo jednoducho stlačte kombináciu klávesov Ctrl+O) a potom v otvorenom dialógovom okne vyberte súbor s oddelenými tabulátormi, ktorý chcete otvoriť. Reťazec oddelený tabulátormi môžete skopírovať do schránky a potom použiť možnosť „Otvoriť text v schránke“(Ctrl+F7)
Ako zmením súbor a.TXT na súbor a.bat?
Môžete ich otvoriť pomocou textového editora, ako je napríklad Poznámkový blok, hoci a. môže byť potrebné kliknúť pravým tlačidlom myši na súbor bat a potom vybrať možnosť Upraviť namiesto možnosti Otvoriť (Otvoriť znamená spustiť kód v súbore bat). Môžete „Uložiť ako“v textovom editore, ako je napríklad Poznámkový blok, v oboch formátoch, explicitným zadaním rozšírenia
Ako uložím súbor Photoshopu ako veľký súbor PDF?
V rozbaľovacej ponuke vedľa položky „Formát“(pod názvom súboru) vyberte „Photoshop PDF“. Kliknite na 'Uložiť'. V poli Možnosti zrušte začiarknutie políčka vedľa položky Zachovať možnosti úprav Photoshopu (výrazne sa tým zníži veľkosť súboru, takže ho môžete poslať e-mailom). Kliknite na „Uložiť PDF“